不動産売却にかかる税金はいくら？計算方法や知らなきゃ損する控除・特例をプロが解説

【2026年最新】不動産売却の税金ガイド｜譲渡所得税の仕組みから確定申告の流れまで

不動産の売却を進める上で、多くの方が直面する大きな疑問が「税金は一体いくらかかるのか？」という点です。

不動産がいくら高く売れても、後から想定外の税金が科されてしまっては、その後の資金計画が狂ってしまいかねません。あらかじめ税金の仕組みを理解し、手元にいくら残るのかを把握しておくことが重要です。

本記事では、不動産売却にともなう税金の種類、具体的な計算方法、そして税負担を大幅に軽減できる特例について詳しく解説します。

不動産売却時にかかる3つの主な税金
不動産を売却する際、主に以下の3つの税金が発生します。

印紙税（契約時）
売買契約書に貼付する収入印紙代です。売却金額に応じて税額が決まっています（現在は軽減税率が適用されるケースが一般的です）。

登録免許税（引き渡し時）
住宅ローンが残っている不動産を売却する場合、売却と同時に金融機関の「抵当権（ていとうけん）」を抹消する必要があります。この抵当権抹消登記にかかる税金です（不動産1個につき1,000円）。

譲渡所得税（売却の翌年）
不動産の売却によって得られた「利益（もうけ）」に対して課される所得税と住民税のことです。不動産売却における税金対策の大部分は、この「譲渡所得税」をいかに抑えるかがポイントになります。

メインの税金「譲渡所得税」の計算仕組み
譲渡所得税は、売却価格そのものに課税されるわけではありません。以下の計算式で算出される「課税譲渡所得（純粋な利益）」に対して課税されます。

【計算式】
課税譲渡所得 ＝ 譲渡価額 －（取得費 ＋ 譲渡費用）

譲渡価額: 不動産の売却価格

取得費: その不動産を購入したときの代金や仲介手数料、リフォーム費用などの合計（※建物の場合は減価償却費を差し引く必要があります）。もし購入当時の書類がなく不明な場合は、売却価格の5%を取得費として計算します。

譲渡費用: 売却するために支払った仲介手数料や測量費、解体費などの合計

この計算の結果、マイナス（損失）になった場合は譲渡所得税はかかりません。プラス（利益）が出た場合のみ、以下の税率を掛け合わせて税額を計算します。

所有期間によって税率が大きく変わる
不動産を所有していた期間によって、税率が「短期」と「長期」の2種類に分かれます。

短期譲渡所得（所有期間が5年以下）
税率：39.63%（所得税30% ＋ 復興特別所得税0.63% ＋ 住民税9%）

長期譲渡所得（所有期間が5年超）
税率：20.315%（所得税15% ＋ 復興特別所得税0.315% ＋ 住民税5%）

※所有期間は、売却した年の「1月1日時点」で判定されるため、実際のカレンダー上の期間とはズレが生じる点に注意が必要です。5年近く所有している不動産を売却する場合は、タイミングを慎重に見極める必要があります。

税金を大幅に安くする！知っておくべき代表的な「特例・控除」
不動産売却で利益が出たとしても、国が用意している特例を活用することで、税金を大幅に減額、あるいはゼロにできるケースがあります。

1. マイホームを売ったときの3,000万円特別控除
自分が住んでいた家（マイホーム）を売却する場合、所有期間の長短に関わらず、譲渡所得から最高3,000万円まで控除できる非常に強力な特例です。利益が3,000万円以内であれば、譲渡所得税はかかりません。

2. 被相続人の居住用財産（空き家）に係る特例
相続した実家が空き家になっており、一定の耐震基準などを満たしている場合、その不動産を売却した際にも最高3,000万円の特別控除を受けられる制度です。空き家問題の解消に向けて広く活用されています。

3. マイホームを買い換えたときの特例
一定の要件を満たすマイホームを売却し、新たに別のマイホームに買い換えた場合、売却時にかかる税金を将来（次にその買い換えたマイホームを売却するとき）まで先送りにできる制度です。

これらの特例を利用するためには、売却した翌年に「確定申告」を行うことが必要条件となります。

不動産売却後のスケジュール：確定申告を忘れずに
譲渡所得税が発生する場合や、特例を利用して税金をゼロにする場合は、売却した翌年の2月16日から3月15日までの間に、税務署へ確定申告を行う必要があります。

申告後、所得税はその場で（または振替納税等で）支払い、住民税は売却翌年の6月以降に納付することになります。特に住民税は時間差で請求が来るため、納税分の資金を手元に残しておくよう注意しましょう。

まとめ
不動産売却に伴う税金は、物件の種類や所有期間、購入当時の書類の有無などによって複雑に変化します。

「自分の場合はいくら税金がかかるのだろう？」「使える特例はあるのか？」と疑問に思われたら、まずは不動産のプロに査定を依頼し、シミュレーションを行うことをおすすめします。適切なアドバイスを受けながら、計画的に売却を進めていきましょう。

【この記事の執筆・監修】
株式会社エージェントM
代表：宮下 大輝

東京・神奈川（相模原エリア等）を中心に不動産売却・買取を専門に扱う会社です。「相模原不動産売却相談センター」を運営し、一般的な住み替えから、相続に伴う空き家の売却、処分が難しい市街化調整区域内の土地・農地活用のコンサルティングまで幅広く対応しております。
税理士等の専門家とも連携し、税金面や特例の活用を含めた最適な売却シミュレーションをご提案いたします。どうぞお気軽にご相談ください。